南鯤鯓代天府自康熙元年建廟以來的三百年間，沒有舉行過建醮儀式，一直到了民國五十七年（西元1968年）三月十七日五府千歲起駕降旨 ，選定戊申年菊月舉行「南鯤鯓代天府五府千歲建廟三百週年紀念舉行慶成祈安五朝清醮暨萬善堂落成大典」，自該年的農曆九月十 一日起到十七日為止，一連舉行七天。

科醮的法事是禮聘嗣漢六十三代天師張恩溥主醮，天師府大法師金登富主壇，節目包括水火醮、祈安科儀、謝土科儀、普 渡和完醮等 。一共設了十七個斗燈供全台的善男信女乞跋，參加這次建醮的神佛王令高達三千尊，盛況空前。

普渡場面多達一萬三千多桌，尤其以布袋、東石和網寮等地一共八 十五艘漁船在急水溪岸的贊普，最為壯觀。